Các hồ Killarney bao gồm hồ Lough Leane, Muckross và Hồ Thượng. Các hồ được liên kết với nhau tại nơi gọi là Điểm gặp gỡ của các vùng nước và chiếm gần một phần tư diện tích của vườn quốc gia. Mặc dù vậy, mỗi hồ lại có một hệ sinh thái độc đáo riêng.[20] Câu cá thể thao tại các hồ từng là một trò tiêu khiển trong thời gian dài nhờ vào quần thể cá hồi và cá hồi nâu trong hồ.

Lough Leane có diện tích 19 kilômét vuông (4.700 mẫu Anh) là hồ lớn nhất trong ba hồ.[20] Đây cũng là hồ nước ngọt có trữ lượng lớn nhất trong khu vực và là hồ giàu dinh dưỡng nhất.[21] Nước trong hồ trở lên phú dưỡng do phosphat từ việc ô nhiễm nguồn nước nông nghiệp xâm lấn vào khu vực lau sậy của hồ, một môi trường quan trọng ở rìa Lough Leane. Quá trình phú dưỡng khiến tảo nở hoa trong những năm gần đây, điều này sẽ dẫn đến việc nước bị ô nhiễm. Tuy nó chưa ảnh hưởng nghiêm trọng đến hệ sinh thái của hồ nhưng cần phải có biện pháp xử lý nhanh chóng nếu không muốn việc nước trong hồ bị biến đổi vĩnh viễn. Chất lượng nước trong hồ dường như đã được cải thiện kể từ khi phosphat được loại bỏ khỏi nước thải vào năm 1985. Kể từ tháng 8 năm 2007, một số khách sạn và doanh nghiệp lớn đã tuyên bố ý định ngừng sử dụng chất tẩy rửa có chứa phosphat như là một trong những biện pháp nhằm bảo tồn chất lượng nước hồ.

Hồ Muckross là hồ sâu nhất trong số ba hồ.[20] Độ sâu tối đa của nó đạt 73,5 mét (241 ft),[10] Hồ nằm trên ranh giới địa chất giữa các dãy núi sa thạch ở phía nam và phía tây với núi đá vôi ở phía bắc.[10] Lough Leane và Muckross nằm phía bên kia ranh giới địa chất của vườn quốc gia. Sự hiện diện của đá vôi khiến cả hai hồ đều giàu chất dinh dưỡng hơn một chút so với hồ Thượng. Có nhiều hang động đá vôi ở mực nước hồ, được hình thành bởi tác động của sóng kết hợp với hiệu ứng hòa tan của nước axit của hồ trên đá lộ thiên. Những hang động lớn nhất nằm trên bờ phía bắc của hồ Muckross.[20]

Từ nơi gặp gỡ của các vùng nước có một kênh hẹp được gọi là Long Range dẫn đến hồ Thượng, là hồ nhỏ nhất trong số ba hồ. Hồ này nằm trong khu vực núi non hiểm trở thượng Killarney/Thung lũng Đen. Dòng chảy nhanh chong lưu vực hồ khiến mực nước của nó có thể tăng lên một mét trong vài giờ khi một trận mưa lớn diễn ra. Hồ Thượng và Muckross là hai hồ có thảm thực vật thủy sinh đa dạng gồm một số loài cỏ và rong như Littorella uniflora, Lobelia dortmanna, Isoetes.